Comme toutes les autres chambres régionales, la chambre régionale des comptes de Rhône-Alpes (CRC) a été créée en 1982.
La chambre régionale des comptes de Rhône-Alpes était installée au 241 rue Garibaldi dans le 3e arrondissement à Lyon entre 1983 et 2010. En juin 2010, la CRC Rhône-Alpes emménage dans de nouveaux locaux au 124 boulevard Vivier Merle dans le même arrondissement.
Le décret n° 2012-255 du 23 février 2012, pris en application de la loi n° 2011-1862 du 13 décembre 2011 relative à la répartition des contentieux et à l'allègement de certaines procédures juridictionnelles, a modifié l'article R 212-1 du code des juridictions financières, fixant les sièges et les ressorts des chambres régionales des comptes, avec prise d'effet au 2 avril 2012. Les chambres d'Auvergne et de Rhône-Alpes sont, à compter de cette date regroupées sous l'appellation chambre régionale des comptes d'Auvergne, Rhône-Alpes.
Suite à la fusion des régions d'Auvergne et de Rhône-Alpes issue de la loi n° 2015-29 du 16 janvier 2015 et à la dénomination de la nouvelle région instituée par le décret n° 2016-1266 du 28 septembre 2016, la CRC prend l'appellation chambre régionale des comptes d'Auvergne-Rhône-Alpes.
Depuis sa création, la chambre a eu pour présidents :
en 1983, Jean-François Larger, conseiller maître à la Cour des comptes,
de 1993 à 1998, Jacques Belle, conseiller maître à la Cour des comptes,
de 1999 à 2001, Christian Descheemaeker, conseiller maître à la Cour des comptes,
de 2001 à 2007, Bernard Levallois, conseiller maître à la Cour des comptes,
de 2007 à 2011, Michel Pierre Prat, conseiller maître à la Cour des comptes,
De 2011 à 2017, Catherine de Kersauson, conseillère maître à la Cour des comptes,
De 2017 à 2021, Marie-Christine Dokhélar, conseillère maître à la Cour des comptes.
Bernard Lejeune, conseiller maître à la Cour des comptes, est nommé par décret du Président de la République en date du 1er mai 2021, président de la chambre.