Sous l'autorité du Premier président, la Cour des comptes est composée de magistrats financiers répartis en 7 chambres, de collaborateurs dédiés aux fonctions d'aide au contrôle et à la gestion administrative au sein de directions et services. Le secrétariat général, composé de magistrats, assure la direction de l'administration de la Cour. Le parquet général près la Cour est dirigé par le Procureur général.
Carine Camby
1re chambre : Compétences économiques et financières de l’État, financement de l’économie et institutions financières publiques, finances publiques et comptes de l’État, industrie, commerce et services, télécommunications
Inès-Claire Mercereau
2e chambre : Énergie, transports, environnement, agriculture et mer
Nacer Meddah
3e chambre : Éducation, jeunesse et sports, enseignement supérieur, recherche, culture et communication
Christian Charpy
4e chambre : Défense, sécurité intérieure, justice, affaires étrangères, pouvoirs publics constitutionnels et renseignement, services du Premier ministre, administration déconcentrée, finances publiques locales
Sophie Thibault
5e chambre : Travail et emploi, ville et logement, cohésion des territoires, immigration et intégration, cohésion sociale et solidarité, générosité publique
Bernard Lejeune
6e chambre : Sécurité sociale, santé, secteur médico-social
Jean-Yves Bertucci
7e chambre : Contrôles juridictionnels et contentieux
Yves Rolland
Rapporteur général - comité du rapport public et des programmes