Le greffe de la Cour d’appel financière verse la requête au dossier de l’affaire, puis la « circularise », c’est-à-dire qu’il informe les autres parties de l’existence de l’appel. Les parties à l’appel ont accès au dossier de l’affaire, qui inclut celui de première instance. Les parties sont informées par le greffe au fur et à mesure du dépôt de nouvelles pièces.
La partie qui a la qualité de défendeur (par exemple le ministère public en cas d’appel d’une personne condamnée à une amende, ou une personne relaxée par l’arrêt dont le parquet fait appel) dispose ensuite d’un mois pour faire valoir ses observations (mémoire en défense), auxquelles l’appelant peut répondre par un mémoire en réplique sous un délai d’un mois. Le défendeur dispose de quinze jours pour produire un second mémoire en défense, auquel l’appelant peut répondre par un mémoire en duplique, également sous quinze jours.
Le président de la Cour d’appel financière désigne un ou plusieurs membres pour procéder à l’instruction de l’appel. Il s’agit obligatoirement de conseillers d’Etat ou de conseillers maîtres à la Cour des comptes. Ces membres peuvent obtenir le concours de magistrats des juridictions judiciaires, administratives ou financières, désignés par le président de la Cour d’appel financière parmi des personnes nommées pour trois ans par le Premier ministre.
Dans un délai d’un mois après la désignation du membre instructeur, ou après la survenance d’un événement qui motive la demande, une partie peut demander sa récusation. La décision est prise par le président de la Cour d’appel financière.
Le membre chargé de l’instruction instruit à charge et à décharge. Il peut interroger l’appelant, les autres parties et des témoins, et les convoquer pour une ou plusieurs auditions. Ces auditions se font en présence du greffier, et donnent lieu à l’établissement d’un procès-verbal contradictoire.
À tout moment de la procédure, les parties ont accès au dossier. Elles peuvent aussi, de leur propre initiative, demander à être auditionnées par le membre chargé de l’instruction.
L’instruction se clôt par le dépôt au greffe de la Cour d’appel financière d’une ordonnance de règlement dans laquelle le membre chargé de l’instruction présente les résultats de son instruction et ses propositions quant à la solution à donner. Elle est notifiée à l’appelant et aux autres parties. Elle n’est pas susceptible de recours.