Si la commune projette, dès la fin des années 1990, de sauver et valoriser rapidement le bâtiment dans le cadre d’une opération d’aménagement de son centre‑ville, davantage consacrée au logement, la communauté urbaine veut avant tout réhabiliter la vaste zone industrielle « Rhodia », englobant les GMP. La volonté des deux entités de réhabiliter la friche dans le cadre d’une opération d’aménagement plus globale aura échoué, malgré la convention « Ville Renouvelée » signée entre elles. Les nombreuses études auront toutefois permis de faire évoluer le zonage du site dans le plan local d’urbanisme (PLU), d’une vocation économique à une vocation d’habitat. Sur ces bases, l’opération d’aménagement entièrement privée de la friche – en trois programmes immobiliers, ayant permis la livraison de 488 logements en 2022 (dont 30 % de logements sociaux) – a pu être menée à son terme.
Marquette aura joué un rôle actif dans la sécurisation du site, sa protection au titre des monuments historiques en 2001 (qui orientera le projet et permettra à son promoteur de bénéficier d’avantages fiscaux) et dans la maîtrise foncière, en usant de nombreux outils d’urbanisme pour pousser le propriétaire privé à vendre au maître d’ouvrage.
La pollution accidentelle et massive du site aux PCB en 1993 constitue un évènement déterminant du projet. Elle n’a en effet pas pu être traitée techniquement, ni la remise en état du site être menée convenablement à terme. Le maire, qui va finalement autoriser le changement d’usage du site en sa qualité d’autorité compétente pour la délivrance des permis de construire, se devait d’exiger – lors du dépôt des demandes concernées – la production des attestations garantissant la réalisation d’une étude de sols et leur prise en compte dans la conception du projet de construction. Si le projet s’avérait de nature à porter atteinte à la salubrité ou à la sécurité publique, il devait alors, soit le refuser, soit l’assortir de prescriptions spéciales, conformément aux dispositions de l’article R. 111-2 du code de l’urbanisme.
Or, le permis d’aménager et treize permis de construire ont été octroyés, en 2017 et 2018, sur la base d’attestations non conformes. En outre, la commune a octroyé une autorisation de travaux pour une micro-crèche située dans la « Brooklyn Tower », alors que la satisfaction d’un tel besoin aurait pu être anticipée sur un autre site, et que l’implantation d’un établissement sensible de ce type sur des sols pollués doit être évitée.