À l'issue de son enquête sur les exercices 2015 à 2021, la Cour estime que le contrôle de légalité et le contrôle des actes budgétaires sont utiles pour préserver l’intérêt général et doivent être confortés. Ces contrôles sont bien acceptés par les collectivités territoriales.
La qualité de ces contrôles n’est cependant pas suffisante. Les préfectures sont de plus en plus isolées dans l’exercice de cette prérogative, à mesure que les autres services déconcentrés s’en détournent. De plus, les préfets sont parfois réticents à déposer des recours, pour préserver la qualité de leurs relations avec les collectivités territoriales avec lesquelles l’État conduit de nombreuses actions en partenariat.
Par ailleurs, de nombreuses préfectures ont atteint un point de rupture en matière de ressources humaines consacrées à ces deux contrôles, alors que le ministère de l’intérieur classe cette mission comme prioritaire. Les effectifs sont globalement en baisse et mal répartis entre les départements. Les postes de contrôle souffrent d’une faible attractivité, à l’image de l’administration territoriale de l’État en règle générale. Plus d’un tiers des préfectures n’atteint pas le nombre minimum d’agents prévus par le plan préfecture nouvelle génération (PPNG). Ce plan n’a atteint aucun de ses objectifs en la matière.
Enfin, l’administration centrale a amélioré son offre d’appui aux préfectures, que la Cour considère comme qualitative, mais elle anime trop peu le réseau territorial. Les indicateurs de performance, pourtant très nombreux, ne sont presque jamais exploités.
En conséquence, la Cour des comptes formule trois axes de recommandations :
- renforcer et professionnaliser les services du contrôle de légalité et des actes budgétaires, notamment en augmentant les effectifs dédiés et leur formation ;
- accroître l’offre de soutien au réseau par l’administration centrale ;
- inscrire davantage cette politique publique dans un cadre interministériel, via une meilleure répartition des missions.