La Cour formule 12 recommandations pour réduire ces inégalités, en rendant les dotations de péréquation plus efficaces. Toutefois, les disparités dans la répartition de la DGF, qu'il s'agisse des écarts entre collectivités favorisées et défavorisées, ou même entre collectivités présentant des caractéristiques similaires, ne peuvent être corrigées dans le cadre de l'architecture actuelle de la DGF.
Ainsi, la Cour propose une treizième recommandation : mener une réforme systémique de la DGF à coût constant pour les finances publiques. La nouvelle DGF comporterait deux volets : une dotation forfaitaire et un complément sélectif péréquateur. Ces deux volets seraient distribués aux collectivités en fonction de données entièrement contemporaines, telles que la population, les ressources, les charges et la centralité.